TARGET=assembleSeq
CC=g++
LDFLAGS=-fopenmp
CFLAGS=-std=c++11 -O3 -fopenmp
SRCS=main.cpp cs2nucl.cpp dna.cpp sortDnaList.cpp assembleDna.cpp utils.cpp histo.cpp \
	randomGenerator.cpp
OBJS=${SRCS:.cpp=.o}

all: $(TARGET)

.cpp.o: 
	$(CC) -c $< $(CFLAGS)

$(TARGET): $(OBJS)
	$(CC) $^ -o $@ $(LDFLAGS)

run:
	./assembleSeq $(ARG)
	gnuplot ../data/plotter.gp

clean:
	rm -f *.o

cleanall: clean
	rm -f $(TARGET)

